SEJARAH SEKOLAH

Sebelum Perang Dunia Pertama, seorang pendekar Jawa bernama Kerma Wijaya telah tiba di sini dan mendapati tempat ini sangan sesuai untuk didiami. Beliau telah meneroka hutan di sini dan diganti dengan sawah padi serta dusun. Kerma Wijaya telah berkahwin dengan wanita tempatan dan dikurniakan beberapa anak. Penduduk kampung mengenali beliau sebagai Tok Jaya dan tempat ini dinamakan sempena nama tersebut. Sekolah ini pula adalah sempena nama kampung ini.

Penubuhan Sekolah Menengah Permatang Tok jaya telah diusahakan oleh YB Datuk Seri Mohd Shariff bin Hj. Omar, Ahli Parlimen Tasek Gelugor memandangkan ketiadaan sebuah sekolah menengah bagi pelajar-pelajar di kawasan Permatang Tok Jaya. Sebelum ini semua pelajar menengah terpaksa ke sekolah menengah di Telok Air Tawar atau Kepala Batas yang jaraknya dalah jauh. Sekolah yang dibina di atas kawasan seluas 13 ekar ini telah mula dibina pada tahun 1992. Sekolah Menengah Kebangsaan Permatang Tok Jaya telah dibuka untuk pengambilan pelajar pada tahun 1995. Pengambilan pelajar adalah dari sekolah rendah berdekatan seperti SK Permatang Tok Jaya, SK Permatang Binjai dan SK Sungai Puyu. Pada tahun penubuhannya sekolah ini mempunyai 6 kelas iaitu 4 kelas tingkatan 1 dan 2 kelas tingkatan2. Pada masa tersebut bangunan sekolah terdiri daripada 3 blok tiga tingkat bangunan akademik, 1 blok tiga tingkat makmal sains, dan 1 blok 2 tingkat bengkel Kemahiran Hidup. Terdapat juga sebuah bengkel Sains Pertanian. Penyelaras sekolah pada ketika itu ialah En. Mat Kamil bin Sudin berserta 10 orang guru.pada 2hb Oktober 1995 sekolah ini telah diserahkan secara rasmi oleh Penolong Pegawai Pendidikan Daerah ketika itu, Tn. Hj Ibrahim Said. Pengetua pertama sekolah ini ialah Tn. Hj Mohd Azli bin Mohamad. Beliau telah berkhidmat di sekolah ini sehingga 5 Jun 1998.

Pada tahun 2000Program Integrasi Pendidikan Khas Bermasalah Pembelajaran telah dibuka di sekolah ini. Terdapat hanya 1 kelas pada peringkat awal pengenalan program ini dengan 3 pelajar. Pada tahun berkenaan juga pembninaan 2 blok akademik yang baru serta pembinaan 2 blok bangunan asrama, rumah warden dan dewan makan telah dimulakan. Bangunan-bangunan tersebut telah siap pada penghujung 2002. Bangunan asrama mempunyai kapasiti 400 orang pelajar dan pengambilan pertama ialah pada tahun 2002.

Pada tahun 2003 sekolah ini telah dipilih oleh Kementerian Pelajaran Malaysia untuk memulakan Program Model Khas. Konsep Model Khas ini ialah menggabungkan pendidikan rendah dan menengah di bawah satu bumbung. Pendidikan rendah berkenaan ialah di peringkat Tahap II iaitu Tahun 4, 5 dan 6. Semua pelajar tahap II ini tinggal di asrama bersama pelajar menengah yang lain.

Sehingga awal 2007 terdapat sebanyak 38 kelas di sekolah ini. 28 darinya adalah kelas menengah biasa dari Tingkatan 1 hingga 5, 6 kelas pada Tahap II Rendah iaitu dari Tahun 4 hingga Tahun 6 dan 4 kelas Pendidikan Khas. Antara program penting di sekolah ini ialah Kelas Aliran Agama jumlah pelajar pula telah mencecah 1100 orang pelajar.